1楼:中国农业出版社
1.取样策略 遗传多样性分析可以在基因型(如自交系、纯系和无性繁殖系)、群体、种质材料和种等不同水平上进行,不同水平的遗传多样性分析取样策略不同。这里着重提到的是群体(杂合的地方品种也可看作群体),因为在一个群体中的基因型可能并不处于hardy weinberg平衡状态(在一个大群体内,不论起始群体的基因频率和基因型频率是多少,在经过一代随机交配之后,基因频率和基因型频率在世代间保持恒定,群体处于遗传平衡状态,这种群体叫做遗传平衡群体,它所处的状态叫做哈迪—温伯格平衡)。
遗传多样性估算的取样方差与每个群体中取样的个体数量、取样的位点数目、群体的等位基因组成、繁育系统和有效群体大小有关。现在没有一个推荐的标准取样方案,但基本原则是在财力允许的情况下,取样的个体越多、取样的位点越多、取样的群体越多越好。
2.遗传距离的估算 遗传距离指个体、群体或种之间用dna序列或等位基因频率来估计的遗传差异大小。衡量遗传距离的指标包括用于数量性状分析的欧式距离(de),可用于质量性状和数量性状的gower距离(dg)和roger距离(rd),用于二元数据的改良roger距离(gdmr)、nei&li距离(gdnl)、jaccard距离(gdj)和简单匹配距离(gd**)等:
d e=[(x1-y1)2+(x2-y2)2+…(xp-yp)2]1/2,这里x1,x2,…,xp和y1,y2,…,yp分别为两个个体(或基因型、群体)i和j形态学性状p的值。
两个自交系之间的遗传距离d**ith= ∑[(xi(p)-yj(p))2/varx(p)]1/2,这里xi(p)和yj(p)分别为自交系i和j第p个性状的值,varx(p)为第p个数量性状在所有自交系中的方差。
dg=1/p∑wkdijk,这里p为性状数目,dijk为第k个性状对两个个体i和j间总距离的贡献,dijk=|dik-xjk|,dik和djk分别为i和j的第k个性状的值,wk=1/rk,rk为第k个性状的范围(range)。
当用分子标记作遗传多样性分析时,可用下式:d(i,j)=constant(∑|xai-xaj|r)1/r,这里xai为等位基因a在个体i中的频率,n为每个位点等位基因数目,r为常数。当r=2时,则该公式变为roger距离,即rd=1/2[∑(xai-xaj)2]1/2。
当分子标记数据用二元数据表示时,可用下列距离来表示:
gd nl= 1-2n11/(2n11+ n10+ n01) gd j= 1-n11/(n11+ n10+ n01) gd **= 1-(n11+ n00)/(n11+ n10+ n01+ n00) gd mr=[(n10+ n01)/2n]1/2这里n11为两个个体均出现的等位基因的数目;n00为两个个体均未出现的等位基因数目;n10为只在个体i中出现的等位基因数目;n01为只在个体j中出现的等位基因数目;n为总的等位基因数目。谱带在分析时可看成等位基因。
在实际操作过程中,选择合适的遗传距离指标相当重要。一般来说,gdnl和gdj在处理显性标记和共显性标记时是不同的,用这两个指标分析自交系时排序结果相同,但分析杂交种中的杂合位点和分析杂合基因型出现频率很高的群体时其遗传距离就会产生差异。根据以前的研究结果,建议在分析共显性标记(如rflp和ssr)时用gdnl,而在分析显性标记(如aflp和rapd)时用gd**或gdj。
gd**和gdmr,前者可用于巢式聚类分析和分子方差分析(amova),但后者由于有其重要的遗传学和统计学意义更受青睐。
在衡量群体(居群)的遗传分化时,主要有三种统计学方法:一是χ2测验,适用于等位基因多样性较低时的情形;二是f统计(wright,1951);三是gst统计(nei,1973)。在研究中涉及到的材料很多时,还可以用到一些多变量分析技术,如聚类分析和主成分分析等。
作物遗传多样性分析过程中要注意哪些问题?
2楼:中国农业出版社
1.取样策略
遗传多样性分析可以在基因型(如自交系、纯系和无性繁殖系)、群体、种质材料和种等不同水平上进行,不同水平的遗传多样性分析取样策略不同。这里着重提到的是群体(杂合的地方品种也可看作群体),因为在一个群体中的基因型可能并不处于hardy-weinberg平衡状态(在一个大群体内,不论起始群体的基因频率和基因型频率是多少,在经过一代随机交配之后,基因频率和基因型频率在世代间保持恒定,群体处于遗传平衡状态,这种群体叫做遗传平衡群体,它所处的状态叫做哈迪—温伯格平衡)。遗传多样性估算的取样方差与每个群体中取样的个体数量、取样的位点数目、群体的等位基因组成、繁育系统和有效群体大小有关。
现在没有一个推荐的标准取样方案,但基本原则是在财力允许的情况下,取样的个体越多、取样的位点越多、取样的群体越多越好。
2.遗传距离的估算
遗传距离指个体、群体或种之间用dna序列或等位基因频率来估计的遗传差异大小。衡量遗传距离的指标包括用于数量性状分析的欧式距离(de),可用于质量性状和数量性状的gower距离(dg)和roger距离(rd),用于二元数据的改良roger距离(gdmr)、nei & li距离(gdnl)、jaccard距离(gdj)和简单匹配距离(gd**)等:
de=[(x1-y1)2+(x2-y2)2+…(xp-yp)2]1/2,这里x1,x2,…,xp和y1,y2,…,yp分别为两个个体(或基因型、群体)i和j形态学性状p的值。
两个自交系之间的遗传距离d**ith=∑[(xi(p)-yj(p))2/varx(p)]1/2,这里xi(p)和yj(p)分别为自交系i和j第p个性状的值,varx(p)为第p个数量性状在所有自交系中的方差。
dg=1/p∑wkdijk,这里p为性状数目,dijk为第k个性状对两个个体i和j间总距离的贡献,dijk=|dikik-xjk|,dik和djk分别为i和j的第k个性状的值,wk=1/rk,rk为第k个性状的范围(range)。
当用分子标记作遗传多样性分析时,可用下式:d(i,j)=constant(∑|xai-xaj|r)1/r,这里xai为等位基因a在个体i中的频率,n为每个位点等位基因数目,r为常数。当r=2时,则该公式变为roger距离,即rd=1/2[∑(xai-xaj)2]1/2。
当分子标记数据用二元数据表示时,可用下列距离来表示:
gdnl=1-[2n11/(2n11+n10+n01)]
gdj=1-[n11/(n11+n10+n01)]
gd**=1-[(n11+n00)/(n11+n10+n01+n00)]
gdmr=[(n10+n01)/2n]0.5
这里n11为两个个体均出现的等位基因的数目,n00为两个个体均未出现的等位基因数目,n10为只在个体i中出现的等位基因数目,n01为只在个体j中出现的等位基因数目,n为总的等位基因数目。谱带在分析时可看成等位基因。
在实际操作过程中,选择合适的遗传距离指标相当重要。一般来说,gdnl和gdj在处理显性标记和共显性标记时是不同的,用这两个指标分析自交系时排序结果相同,但分析杂交种中的杂合位点和分析杂合基因型出现频率很高的群体时其遗传距离就会产生差异。根据以前的研究结果,建议在分析共显性标记(如rflp和ssr)时用gdnl,而在分析显性标记(如aflp和rapd)时用gd**或gdj。
gd**和gdmr,前者可用于巢式聚类分析和分子方差分析(amova),但后者由于有其重要的遗传学和统计学意义而更受青睐。
在衡量群体(居群)的遗传分化时,主要有3种统计学方法:一是χ2测验,适用于等位基因多样性较低时的情形,二是f统计(wright,1951),三是gst统计(nei,1973)。在研究中涉及到的材料很多时,还可以用到一些多变量分析技术,如聚类分析和主成分分析等等。
遗传多样性分析
3楼:匿名用户
根据你的问题,你做林木的遗传多样性分析应该是一种或者近缘种的分析吧。
(1)dna标记方法中,现在最有效的是用微卫星标记(如ssr标记),但是微卫星有时候不好扩增,可能需要较长的摸索时间;因此rflp和aflp等老方法也可以一用,优点是速度快。
(2)对于遗传多样性分析来说,等位酶分析更好。同工酶是功能相同的一类蛋白质,但是它们的编码基因不同,因此并不能很好的反应同种不同种群或近缘种间的遗传多样性关系;等位酶是由同一个基因的不同等位基因编码的,有进化上的关系,更适合用于遗传多样性分析。
(3)蛋白质水平上,可以用凝胶电泳技术检验蛋白质条带的多态性(这是也比较常用的);也可以直接蛋白质测序,但是这个成本高,并且有些蛋白测序难度大。
遗传多样性分析中为什么分析碱基组成,能说明什么问题
4楼:匿名用户
遗传多样性是生物多样性的重要组成部分。一方面,任何一个物种都具有其独特的基
因库和遗传组织形式,物种的多样性也就显示了基因遗传的多样性。另一方面,物种是构成生物群落进而组成生态系统的基本单元。生态系统多样性离不开物种的多样性,也
5楼:好网友
佳基全基析信息更更全
遗传多样性分析在畜牧生产中有什么作用
6楼:杨风游
进行遗传多样性分析,以**山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为a、b、c、d、e和f。
杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为b和e,其他群体均为f。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.
741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.
624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。
植物遗传多样性分析需要测哪些数据
7楼:紫色学习
植物体的外部形态、生理代谢和染色体的dna分子。
植物遗传多样性:
每一种植物都具有其独特的基因库和遗传组成。植物生长发育中基因表达在时间上和空间上调节控制的复杂性,是植物遗传多样性成多层次的表现,即表现在植物体的外部形态上,生理代谢和染色体的dna分子水平上。藻类、菌类、地衣、苔藓、蕨类和种子植物他们都具有各自独立的遗传系统。
遗传多样性分析,遗传多样性研究意义有哪些
1楼 匿名用户 根据你的问题,你做林木的遗传多样性分析应该是一种或者近缘种的分析吧。 1 dna标记方法中,现在最有效的是用微卫星标记 如ssr标记 ,但是微卫星有时候不好扩增,可能需要较长的摸索时间 因此rflp和aflp等老方法也可以一用,优点是速度快。 2 对于遗传多样性分析来说,等位酶分析更...
在观察和实验过程中应该注意哪些问题
1楼 匿名用户 化学是以实验为基础,研究物质的组成 结构 性质及其变化规律的自然科学。在化学知识中,许多知识如化学概念 基本原理 元素化合物性质等,都是通过化学实验而获得的。因此,在化学学习中必须学会对实验进行正确的观察,并在观察的基础上根据实验现象得出结论,从而掌握化学知识。 那么,如何正确观察实...
商标在使用中需要注意哪些问题,商标使用中要注意哪些问题
1楼 八戒 知识产权 首先,明确商标注册人 的权利和义务 一 商标注册人的权利 人的权利主要是指对注册商标所享有的专用权。我国《商标法》规定 经商标局核准注册的商标为注册商标,商标注册人对该注册商标享有商标专用权,受法律保护。 商标专用权应当包括 1 使用权 商标注册人有权在其注册商标核准使用的商品...