蛋白质组学常用的研究方法,蛋白质组学的研究手段有哪些

2021-01-13 15:56:45 字数 5358 阅读 2236

1楼:匿名用户

酵母双杂交系统、抗体芯片、lcm技术、mic solution inc、spr技术、色谱分离技术、双相电泳技术、有机质谱等等。

lcm技术获得的细胞可以用于蛋白质样品的制备。

蛋白质样品中的不同类型的蛋白质可以通过二维电泳进行分离。

胶染色后可以利用凝胶图象分析系统成像,然后通过分析软件对蛋白质点进行定量分析,并且对感兴趣的蛋白质点进行定位。

genomic solution可以为研究者提供除质谱外的所有蛋白质组学研究工具,包括二维电泳系统,成像系统及分析软件,胶切割系统,蛋白质消化浓缩工作站,点样工作站等;同时还可以提供相关试剂和消耗品。

蛋白质相互作用的研究,酵母双杂交和噬菌体展示技术无疑是很好的研究方法。

lcm-二维电泳-质谱的技术路线是典型的一条蛋白质组学研究的技术路线,除此以外,lcm-抗体芯片也是一条重要的蛋白质组学研究的技术路线。

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蛋白质组学的研究手段有哪些

2楼:匿名用户

比较多:最基本的

1、双向电泳技术(理想目的:将细胞(或组织)内所有蛋白质都分离开来)2、质谱技术及一系列派生技术 (测蛋白质序列)3 、蛋白质互相作用研究:

酵母双杂交,细菌双杂交,免疫共沉淀技术,pull-down,fret,bifc等

4、蛋白质定位:

荧光标记技术,共聚焦荧光显微镜技术,免疫荧光,免疫化学等技术。

六,蛋白组学的概念和研究方法有哪些

3楼:匿名用户

概念蛋白质组学(proteomics)一词,源于蛋白质(protein)与 基因组学(genomics)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质.蛋白质组本质上指的是在大规模水平上研究蛋白质的特征,包括蛋白质的表达水平,翻译后的修饰,蛋白与蛋白相互作用等,由此获得蛋白质水平上的关于疾病发生,细胞代谢等过程的整体而全面的认识

研究技术

二维电泳和质谱技术

应用1.蛋白质鉴定:可以利用一维电泳和二维电泳并结合western等技术,利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究.

2.翻译后修饰:很多mrna表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化,糖基化,酶原激活等.

翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式,因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用.

3.蛋白质功能确定:如分析酶活性和确定酶底物,细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析.

可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能.另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解.clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具.

4.对人类而言,蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康,主要指促进分子医学的发展.如寻找药物的靶分子.

很多药物本身就是蛋白质,而很多药物的靶分子也是蛋白质.药物也可以干预蛋白质-蛋白质相互作用.

在基础医学和疾病机理研究中,了解人不同发育、生长期和不同生理、病理条件下及不同细胞类型的基因表达的特点具有特别重要的意义.这些研究可能找到直接与特定生理或病理状态相关的分子,进一步为设计作用于特定靶分子的药物奠定基础.

4楼:龙之卉莱悌

传统技术是针对单个单个的蛋白啦,基因啦来研究的。好比面试选人,一个一个来。

组学的特点就是量大,批量基因,批量蛋白比较性的研究,好比选人时一个班一个班来比较挑选,效率高,容易发现新分子。对功能解释、新功能、新药物等提供可靠的指标。

蛋白质组组学研究的基本策略是什么?

5楼:清华生物

蛋白质组

蛋白质组(proteome)的概念最先由marc wilkins提出,指由一个基因组(genome),或一个细胞、组织表达的所有蛋白质(protein). 蛋白质组的概念与基因组的概念有许多差别,它随着组织、甚至环境状态的不同而改变. 在转录时,一个基因可以多种mrna形式剪接,并且,同一蛋白可能以许多形式进行翻译后的修饰.

故一个蛋白质组不是一个基因组的直接产物,蛋白质组中蛋白质的数目有时可以超过基因组的数目. 蛋白质组学(proteomics)处于早期“发育”状态,这个领域的专家否认它是单纯的方法学,就像基因组学一样,不是一个封闭的、概念化的稳定的知识体系,而是一个领域. 蛋白质组学集中于动态描述基因调节,对基因表达的蛋白质水平进行定量的测定,鉴定疾病、药物对生命过程的影响,以及解释基因表达调控的机制.

作为一门科学,蛋白质组研究并非从零开始,它是已有20多年历史的蛋白质(多肽)谱和基因产物图谱技术的一种延伸. 多肽图谱依靠双向电泳(two-dimensional gel electrophoresis, 2-de)和进一步的图象分析;而基因产物图谱依靠多种分离后的分析,如质谱技术、氨基酸组分分析等.

[编辑本段]蛋白质组学的研究内容

主要有两方面,一是结构蛋白质组学,二是功能蛋白质组学。其研究前沿大致分为三个方面:

① 针对有关基因组或转录组数据库的生物体或组织细胞,建立其蛋白质组或亚蛋白质组及其蛋白质组连锁群,即组成性蛋白质组学。

② 以重要生命过程或人类重大疾病为对象,进行重要生理病理体系或过程的局部蛋白质组或比较蛋白质组学。

③ 通过多种先进技术研究蛋白质之间的相互作用,绘制某个体系的蛋白,即相互作用蛋白质组学,又称为“细胞图谱”蛋白质组学。

此外,随着蛋白质组学研究的深入,又出现了一些新的研究方向,如亚细胞蛋白质组学、定量蛋白质组学等。

[编辑本段]蛋白质组学研究中的主要技术

1 双向凝胶电泳技术(2-de)

双向凝胶电泳技术与质谱技术是目前应用最为广泛的研究蛋白质组学的方法。双向凝胶电泳技术利用蛋白质的等电点和分子量差别将各种蛋白质区分开来。虽然二维凝胶电泳难以辨别低丰度蛋白,对操作要求也较高,但其通量高、分辨率和重复性好以及可与质谱联用的特点,使其成为目前最流行、可靠的蛋白质组研究手段。

双向凝胶电泳技术及质谱基础的蛋白质组学研究程序为样品制备→等电聚焦→聚丙烯酰胺凝胶电泳→凝胶染色→挖取感兴趣的蛋白质点→胶内酶切→质谱分析确定肽指纹图谱或部分氨基酸序列→利用数据库确定蛋白。蛋白质组研究要求有高分辨率的蛋白质分离及准确、灵敏的质谱鉴定技术。凝胶电泳中蛋白质的着色不仅影响蛋白质分离的分辨率,同时也影响后续的质谱鉴定。

蛋白质的染色可分为有机试剂染色、银染、荧光染色及同位素显色四类。

unlu 等提出了一种荧光差异显示双向电泳(f-2d-dige)的定量蛋白质组学分析方法。差异凝胶电泳(dige)是对2-de 在技术上的改进,结合了多重荧光分析的方法,在同一块胶上共同分离多个分别由不同荧光标记的样品,并第一次引入了内标的概念。两种样品中的蛋白质采用不同的荧光标记后混合,进行2-de,用来检测蛋白质在两种样品中表达情况,极大地提高了结果的准确性、可靠性和可重复性。

在dige技术中,每个蛋白点都有它自己的内标,并且软件可全自动根据每个蛋白点的内标对其表达量进行校准,保证所检测到的蛋白丰度变化是真实的。dige 技术已经在各种样品中得到应用。

2 高效液相色谱技术(hplc)

尽管二维凝胶电泳(2-de)是目前常用的对全蛋白组的分析方法,但其存在分离能力有限、存在歧视效应、操作程序复杂等缺陷。对于分析动态范围大、低丰度以及疏水性蛋白质的研究往往很难得到满意的结果。chong 等使用hplc/ 质谱比较分析恶性肿瘤前和癌症两种蛋白质差异表达。

利用hplc 分离蛋白质,并用maldi-tof-ms 鉴定收集的组分,从而在两种细胞中的差异表达中对蛋白质进行定量分析。多维液相色谱作为一种新型分离技术,不存在相对分子质量和等电点的限制,通过不同模式的组合,消除了二维凝胶电泳的歧视效应,具有峰容量高、便于自动化等特点。二维离子交换- 反相色谱(2d-iec-rplc)是蛋白质组学研究中最常用的多维液相色谱分离系统。

3 表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(sel-di)技术

表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术于2002 年由诺贝尔化学奖得主田中发明,刚刚产生便引起学术界的高度重视。seldi 技术是目前蛋白质组学研究中比较理想的技术平台,其全称是表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术(seldi-tof)。其方法主要如下:

通常情况下将样品经过简单的预处理后直接滴加到表面经过特殊修饰的芯片上,既可比较两个样品之间的差异蛋白,也可获得样品的蛋白质总览。因此,在应用方面具有显著优势。seldi 技术分析的样品不需用液相色谱或气相色谱预先纯化,因此可用于分析复杂的生物样品。

seldi 技术可以分析疏水性蛋白质,pi 过高或过低的蛋白质以及低分子质量的蛋白质( < 25 000) ,还可以发现在未经处理的样品中许多被掩盖的低浓度蛋白质,增加发现生物标志物的机会。seldi 技术只需少量样品,在较短时间内就可以得到结果,且试验重复性好,适合临床诊断及大规模筛选与疾病相关的生物标志物,特别是它可直接检测不经处理的尿液、血液、脑脊液、关节腔滑液、支气管洗出液、细胞裂解液和各种分泌物等, 从而可检测到样品中目标蛋白质的分子量、pi、糖基化位点、磷酸化位点等参数。

4 同位素标记亲和标签(icat)技术

同位素亲和标签技术是近年发展起来的一种用于蛋白质分离分析技术,此技术目前是蛋白质组研究技术中的核心技术之一。该技术用具有不同质量的同位素亲和标签( icats) 标记处于不同状态下的细胞中的半胱氨酸,利用串联质谱技术,对混合的样品进行质谱分析。来自两个样品中的同一类蛋白质会形成易于辨识比较的两个不同的峰形,能非常准确的比较出两份样品蛋白质表达水平的不同。

icat 的好处在于它可以对混合样品直接测试;能够快速定性和定量鉴定低丰度蛋白质,尤其是膜蛋白等疏水性蛋白等;还可以快速找出重要功能蛋白质。

由于采用了一种全新的icat 试剂,同时结合了液相色谱和串联质谱,因此不但明显弥补了双向电泳技术的不足,同时还使高通量、自动化蛋白质组分析更趋简单、准确和快速,代表着蛋白质组分析技术的主要发展方向。针对磷酸化蛋白分析以及与固相技术相结合icat 技术本身又取得了许多有意义的进展,已形成ica t 系列技术。用具有不同质量的同位素亲和标签( icats) 标记处于不同状态下的细胞中的半胱氨酸,利用串联质谱技术,可对混合的样品进行质谱分析。

5 生物信息学

近年来,生物信息学在生命科学研究中起着越来越重要的作用。利用生物信息学对蛋白质组的各种数据进行处理和分析,也是蛋白质组研究的重要内容。生物信息学是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。

生物信息学的发展,已不仅是单纯的对基因组、蛋白质组数据的分析,而且可以对已知的或新的基因产物进行全面分析。在蛋白质组数据库中储存了有机体、组织或细胞所表达的全部蛋白质信息,通过用鼠标点击双向凝胶电泳图谱上的蛋白质点就可获得

如蛋白质鉴定结果、蛋白质的亚细胞定位、蛋白质在不同条件下的表达水平等信息。目前应用最普遍的数据库是nrdb 和dbest 数据库。nrdb 由swiss2prot 和genpetp 等几个数据库组成,dbest是由美国国家生物技术信息中心(ncbi)和 欧洲生物信息学研究所(ebi)共同编辑的核酸数据库;计算机分析软件主要有蛋白质双向电泳图谱分析软件、蛋白质鉴定软件、蛋白质结构和功能**软件等。

蛋白质组学的研究基础,蛋白质组组学研究的基本策略是什么?

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