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按正常操作程序，香菇菌丝发满菌袋，并达到一定的生理成熟度时，人为调控其生长环境的通气、光照、温度及湿度等条件，使其料表气生菌丝全部倒伏并分泌色素，料表色泽逐渐由浓白、浅白转为浅棕直至棕色、棕褐色，最后形成一层集保温、保湿、避光、抗杂菌等多重作用于一体的棕褐色菌膜，该过程称之为转色。转色是代料栽培香菇正常的生理现象，只是在人工栽培条件下，人为强制性调控所需条件，使该过程加速罢了。香菇菌棒转色的色泽深浅，菌膜的厚薄等，与出菇时间、出菇产量及菇品质量关系密切。
一般条件下，转色（质量）与出菇（水平）的关系，有三种基本情况：
第一种为正常转色，符合要求。表现为菌膜厚薄适中、棕褐色、菌棒有树皮光泽，富有弹性；其出菇表现为按时现蕾、菇蕾均匀，潮次明显；菇体发育正常，产量高，质量优。
第二种表现为转色过重。为深褐色至黑褐色，菌膜偏厚且硬，出菇时间较其生物特性明显偏晚，其子实体偏大、盖厚，质量上乘，但其产量仅有正常转色的50%，甚至更低，严重时甚至难以出菇。 第三种为转色明显偏嫩。
表现为菌膜薄、色泽浅棕或黄褐色，或形成较大的白色"花斑"，该种情况则提前出菇，菇蕾集中且密集状发生，菇体小且多畸形，总产量较正常甚至偏高，但质量低劣，菌盖易开伞、色浅，市场价值很低；菌棒自身易衰老。
转色管理
菌棒的转色管理，按菌种特性有所不同，甚至差别很大。早熟菌株和武香1号、931等，一般是在接种后50-70天、中熟菌株如937、908等在80-100天，晚熟种如939等则在120天左右，甚至超过150天以上，个别的越夏菌株需要180-200天才进入转色期，具体可根据其生物特性说明或出菇试验来掌握转色时间。
由于栽培的方向及模式不同，转色管理可分为两种方式，即脱袋转色和袋内转色。因为现在的生产大多是以取得花菇或优质厚菇为目的，故多采取袋内转色方式。其基本管理如下：
1、打孔增氧：菌丝发满后，基料内充盈菌丝体，其代谢量大为增加，通过打孔达到增加其内部氧气、排除废气、提高代谢和散失部分水分的目的，为转色管理的第一步。
2、促膜离壁：通过打孔、搬动等，促使塑膜与基料分离。对发菌时间短的早熟菌株，因自然离壁有困难，可在打孔时顺便挑起塑膜，以利该处生出气生菌丝。
3、码垛通风：根据气温的高低，采取三角形或井字型码垛，将菌棒码高4-8层不等，既可充分利用空间，又不使菌棒过分拥挤，并且码起的袋垛中间有"自然拔风"，有利于袋间和膜内的通气。 4、调控温度：
根据季节的不同，适当人为调控垛内温度，使之保持在15-25℃，低温季节最低温度也可调控在10℃左右。当垛内温度达到25℃时，即应揭去覆盖物，倒垛散热，原则是"宁可低温延长转色时间，也不允许高温烧菌"。
5、通风压菌：在较合适的条件下，料表会很快长出一层细密的气生菌丝，并开始分泌色素，出现浅酱油色的水珠，为转色的重要信号。此时，可采取两种措施。
一是使用地下水直接喷淋，既为菌棒降温，又可冲洗掉部分色素水珠，与此同时应加强通风，一般掌握喷水后2小时料表不粘手即可；二是倒垛，同时加强通风。
6、加大温差：实践证明，一定条件下，在尽量降温的基础上加大昼夜温差，是促进转色的主要措施之一。
7、干湿交替：该措施可通过喷啉冷水和加强通风等手段实现。喷淋冷水一方面给菌棒以较大的温差刺激，促使其快速形成菌膜；另一方面可提高其湿度，通过加强通风等措施，即可达到干湿交替的目的。
8、光照刺激：适当的光照刺激是促进菌棒转色的重要因素。一般情况下，可调控光照强度在1000勒克斯左右，即比较明亮的光线；并且通过倒垛或转换光线**，使菌棒受到均匀的光照，达到转色一致、整齐均匀的目的。
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