如何对q-pcr所得数据进行处理和制图

2021-01-10 17:28:05 字数 3608 阅读 4700

1楼:南京金益柏生物科技****

建议楼主查询文库,一般这个上面有详细的处理过程哈,而且还是比较具体,这样子操作是很好的

请教qrt-pcr数据统计问题

2楼:匿名用户

这样算:

你先把几次试验的对照组的平均值设为1, 再把每个单独试验对照组的数值算出和这个对照组平均值的差异,就可以计算标准差了。

这么简单的统计分析,用不着spss吧, excel就可以解决了。

3楼:匿名用户

rt-qpcr由普通pcr技术发展而来,它是在传统pcr反应体系中加入荧光化学物质(荧光染料或者荧光探针),根据各自不同的发光机制实时检测pcr退火、延伸过程中荧光信号变化来计算pcr每个循环中产物的变化量,目前最常见的方法为biog染料法荧光染料法和biog探针法。

4楼:life实验室

老师们好,“你先把几次试验的对照组的平均值设为1, 再把每个单独试验对照组的数值算出和这个对照组平均值的差异,”那么δδct = δct实验组样品 - δct对照组样品,这里的“δct对照组样品”用的应该是平均值还是单个的测定值,假如测定的是不同部位(根、茎、叶),每个部位都有对照,用的应该是根、茎和叶所有对照的平均值还是其他?

怎么通过q-pcr的扩增曲线和溶解曲线来分析结果,如何通过曲线来判断结果的好与坏?

5楼:匿名用户

1、扩增曲线(如果做双δct法):

(1)扩增曲线必须是s型,有明显的四个时期,且复孔的ct值尽量一致,相差不要超过0.5个ct值(上限是1个ct值);

(2)同一个基因在不同浓度的相同模板下扩增,其相差的ct值为相差浓度倍数的2次开方。当然这是理论值;另外阴性对照不能有扩增(40个循环以后出ct值属正常现象,也可算作没有扩增)。

2、溶解曲线:

(1)溶解曲线是判断扩增产物是否单一的曲线,顾名思义,其跟模板(或其浓度)没有关系,扩增什么基因就应该有其相对应的溶解曲线;

(2)一般sybr法的目的基因在80~90℃之间;

(3)出现其他峰就该考虑是否为引物二聚体(一般为60~75℃之间)视引物长度而定,而基因组dna污染的峰会在90℃以后。出现引物二聚体可能是引物设计、引物加量等原因所致;

(4)基因组dna那么考虑设计跨内含子引物或者实验之前做gdna的消除工作。而阴性对照有目的峰那可能就是模板污染,注意实验操作等避免模板污染。

3、溶解曲线是为了验证扩增产物特异性的,要是溶解曲线是单峰说明产物只有一条,结果较好;要是双峰说明产物不特异,可能存在引物二聚体或非特异性扩增,有可能引物设计有问题。

6楼:匿名用户

具体要看你做什么实验,模板和扩增的基因实怎样的。

1、扩增曲线:一般来说如果你做双δct法那么你的扩增曲线必须是s型,有明显的四个时期,且复孔的ct值尽量一致,相差不要超过0.5个ct值(上限是1个ct值);同一个基因在不同浓度的相同模板下扩增,其相差的ct值为相差浓度倍数的2次开方。

比如同一种cdna5倍浓度稀释,那么同一种基因扩增的前提下,5倍浓度模板的ct值会比1倍浓度模板的ct值提前2.3个循环左右,以此类推,当然这是理论值;另外阴性对照不能有扩增(40个循环以后出ct值属正常现象,也可算作没有扩增)。

2、溶解曲线:溶解曲线是判断扩增产物是否单一的曲线,顾名思义,其跟模板(或其浓度)没有关系,扩增什么基因就应该有其相对应的溶解曲线,类似于电泳。那么你扩增几种基因就应该有几种对应的峰(一般sybr法的目的基因在80~90℃之间),我说的是一般情况,这个跟扩增片段长短有关系。

出现其他峰就该考虑是否为引物二聚体(一般为60~75℃之间)视引物长度而定,而基因组dna污染的峰会在90℃以后。出现引物二聚体可能是引物设计、引物加量等原因(也有可能是从加完反应液到上机开始pcr这之间的时间过长)所致;基因组dna那么考虑设计跨内含子引物或者实验之前做gdna的消除工作。而阴性对照有目的峰那可能就是模板污染,注意实验操作等避免模板污染。

纯手打,支持下。

7楼:匿名用户

扩增曲线要是s形的,融解曲线要单峰。满足这些条件结果才可靠

如何运用ncbi设计q-pcr引物

8楼:

引物大吗? 如果二十几个bp以上的话,能查出来 正向引物不变,反向引物找反向互补序列,(就是说aatcggatcctcj就要翻成gaggatccgatt)把这两个序列用两个空格分开,或者用逗号隔开去blast,为了精确,应该在高级选项限制条件里选择你要的那种生物,你要的那种基因(比如是酶就选择酶那一类)。 然后在结果里认真找哈~~

做q-pcr,相同的标本为什么每次做结果不同?

9楼:匿名用户

注意操作的一致性以及稳定性,一般情况下不同批次是有批间差的,但是实验流程相对比较成熟的实验室,或者老师批间差不会很大,我们实验室要求相同样本批间差在0.2cycle以内。建议你多做几组重复。

q-pcr的几个问题?

10楼:阿鲁巴星人

1 可以先平均再求差值,也可以先差值再平均。两种方式的variation应该是一样的。

2 可以去掉,但是少于3个的样品没有统计学上的意义。你可以自己看看。

1 看内参和目的基因的ct值没有问题

2 对数期的线条应该是比较漂亮的,前头的不好看正常。很有软件有美化这些线条的功能,所以会很漂亮,这个不用太在意,只要你的ct值重复孔是一样的就好。

如何选择绝对定量rt-pcr的数据统计分析方法 5

11楼:匿名用户

根据正态、方差齐、样本量等选择分析方法。

逆转录pcr(reverse transcription pcr)或者称反转录pcr(reverse transcription-pcr, rt-pcr),是聚合酶链式反应(pcr)的一种广泛应用的变形。在rt-pcr中,一条rna链被逆转录成为互补dna,再以此为模板通过pcr进行dna扩增。

由一条rna单链转录为互补dna(cdna)称作"逆转录",由依赖rna的dna聚合酶(逆转录酶)来完成。随后,dna的另一条链通过脱氧核苷酸引物和依赖dna的dna聚合酶完成,随每个循环倍增,即通常的pcr。原先的rna模板被rna酶 h降解,留下互补dna。

rt-pcr的指数扩增是一种很灵敏的技术,可以检测很低拷贝数的rna。rt-pcr广泛应用于遗传病的诊断,并且可以用于定量监测某种rna的含量。(检测基因表达的方法,参见northern blot法。

rt-pcr的关键步骤是在rna的反转录,要求rna模版为完整的且不含dna、蛋白质等杂质。常用的反转录酶有两种,即鸟类成髓细胞性白细胞病毒(avian myeloblastosis virus,amv)反转录酶和莫罗尼鼠类白血病病毒(moloney murine leukemia vrius,mmlv)反转录酶。

rt-pcr有时候也会指代实时pcr(real-time pcr)。为了与逆转录pcr相区别,通常被写作"定量pcr"(quantitative pcr)或者rtq-pcr(real-time quantitative pcr)。

12楼:匿名用户

根据正态、方差齐、样本量等选择分析方法

我替别人做这类的数据分析蛮多的