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这是龟类对付外界恶劣环境的一个很有效的方法。休眠通常分为冬眠和夏眠。而由于日本地龟是陆龟，通常在冬季冬眠。
一般来说水温低于20度时，日本地龟便开始不吃东西。水温低于11度时，进入到浅度冬眠中；当水温低于6度时，龟便开始进入深度冬眠。当水温长时间低于5度时，日本地龟有被冻死的危险。
很多龟友都希望在冬天加温饲养，这需要有一定的经验。尤其对于新养龟的龟友来说更是如此。在冬季由于室温与水温之间存在着温差日本地龟很容易得肺炎死去。
因此如果有条件的话还是应该让日本地龟冬眠，这样也符合其自然规律。 日本地龟成年后可以干养过冬，但也需要隔一周左右泡泡水。成体巴西冬眠可采取用湿布裹盖的模式进行。
冬眠前，水温达22°c时，在饲料中拌人抗生素类药物，以增强龟的抗病能力。当水温降至14℃时，龟的活动减少，多数龟沉在水底，停食，少数龟仅食少量，这时需彻底清池，并对龟进行检查，检查的内容包括**、头部、粪便、寄生虫。不健康的龟不能冬眠，应挑选出单独饲养，并提升水温至20°c以上使龟进食，同时采取相应的**措施。
在冬眠中，偶尔水温升至16°c以上时龟会苏醒活动，此时切勿喂食，防止夜间温度降低，造成消化不良等方面疾病。冬眠过程中，对一些漂浮水面、四肢无力等不正常的龟应及时捞出，隔离饲养。冬眠后，随温度的提升，水温达18°c左右，龟已有少量活动，有些龟已能觅食，这时不能急于喂食，应待昼夜水温差不超过6°c左右方可喂食，第1次喂食前需全面换水并消毒。
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