实时定量pcr扩增曲线怎么分析,实时定量PCR的结果是怎样分析的

2020-11-22 12:47:40 字数 5273 阅读 9589

1楼:南京金益柏生物科技****

可能是模板浓度太低了,都没有达到阈值的,刚开始要做不同浓度梯度的,摸一下模板浓度条件

2楼:桑桑双子的老巢

你好,扩增曲线可以粗略地判断扩增效率。sybr green的双delta ct法要求目的基因和内参的扩增效率基本一致。如果不一致,需要对公式进行修正,部分qpcr仪的配套软件可以做到,直接输入每对引物的扩增效率。

但无论如何,保证高扩增效率是实验成功的关键。如果扩增效率一致,不同ct的曲线显示出来就基本是平行的位移,其倾斜程度基本一致。而如下图一样,一条比较“陡”,另一条比较“平”,那么意味着扩增效率不一致。

有可能是引物效率不一,或者个别样品、反应孔存在抑制pcr的污染等。

来自:肽度时界威客吴博士,有科研难题、科研需求就上肽度时界吧!

请教下大神,实时定量pcr(qpcr)实验,看扩增曲线的意义是什么?

3楼:科研高手

你好,扩增曲线可以粗略地判断扩增效

率。sybr green的双delta ct法要求目的基因和内参的扩增效率基本一致。如果不一致,需要对公式进行修正,部分qpcr仪的配套软件可以做到,直接输入每对引物的扩增效率。

但无论如何,保证高扩增效率是实验成功的关键。如果扩增效率一致,不同ct的曲线显示出来就基本是平行的位移,其倾斜程度基本一致。而如下图一样,一条比较“陡”,另一条比较“平”,那么意味着扩增效率不一致。

有可能是引物效率不一,或者个别样品、反应孔存在抑制pcr的污染等。

来自:肽度时界威客吴博士,有科研难题、科研需求就上肽度时界吧!

实时定量pcr的结果是怎样分析的

4楼:小乾乾

1、如果有标准曲线,按照标准曲线计算。

2、一般都是相对量,则用delta delta ct方法来计算。

3、举例如下:对照组基因a的ct值为20, 内参(比如βactin)ct值15。实验组基因a ct值18,内参ct值14。

4、首先算加样量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是说实验组的加样量是对照组的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是说基因a的量在实验组是对照组的4倍。但是由于加样量是2倍,所以4处以2=2,最后的相对量是2倍。

5、几点注意:必须确定扩增的特异性,只有相同目标的ct值才能相减(扩增效率有可能不同),2的某次方只是理论值,实际扩增效率低于2,最好不用syber green。

5楼:豆村长de草

实时荧光定量pcr技术是在pcr反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个pcr进程,最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。

基线在pcr扩增反应的最初数个循环里,荧光信号变化不大,接近一条直线,这样的直线即基线。光域值threshold的设定,一般将pcr反应前15个循环的荧光信号作为荧光本底信号,荧光域值是pcr3-15个循环荧光信号标准差的10倍,荧光域值设定在pcr扩增的指数期。

融解曲线是用来验证扩增产物特异性的,如果产物是单一条带,融解曲线就会出现一尖峰;如果有引物二聚体或其它非特异性扩增,就会出现至少两个尖峰。

扩展资料:

时荧光定量pcr仪real-time qpcr 常见问题分析:

1、无ct值出现

1)检测荧光信号的步骤有误:一般sg法采用72℃延伸时采集,taqman法。则一般在退火结束时或延伸结束采集信号;

2)引物或探针降解:可通过page电泳检测其完整性;

3)模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起;

4)模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。

2、ct 值出现过晚(ct>38)

1)扩增效率低:反应条件不够优化,设计更好的引物或探针、改用三步法 进行反应、适当降低退火温度、增加镁离子浓度等;

2)pcr各种反应成分的降解或加样量不足,

3)pcr产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。

3、标准曲线线性关系不佳

1)加样存在误差:使得标准品不呈梯度;

2)标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品;

3)引物或探针不佳:重新设计更好的引物和探针;

4)模板中存在抑制物,或模板浓度过高。

6楼:匿名用户

实时定量pcr的结果是可以和所有核酸结合,没有特异性。

要保证特异性的话,最好用其他的方法。扩增体系中加入模板dna的体积,比如同时10微升的体系,对照组加1微升dna,实验组加2微升dna,则实验组的加样量是对照组的2倍。

看ct值是分析荧光定量pcr最直观的一个数据,ct值一般在35左右就失去参考价值了,平时我们实验室用biodai-pcr荧光定量法测得的扩增曲线的起跳值基本在30左右。

扩展资料:

real-time qpcr 常见问题分析:

一、无ct值出现

1、检测荧光信号的步骤有误:一般sg法采用72℃延伸时采集taqman法。

则一般在退火结束时或延伸结束采集信号。

2、引物或探针降解:可通过page电泳检测其完整性。

3、模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起。

4、模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。

二、ct 值出现过晚(ct>38)

1、扩增效率低:反应条件不够优化,设计更好的引物或探针、改用三步法 进行反应、适当降低退火温度、增加镁离子浓度等。

2、pcr各种反应成分的降解或加样量不足。

3、pcr产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。

三、标准曲线线性关系不佳

1、加样存在误差:使得标准品不呈梯度。

2、标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品。

3、引物或探针不佳:重新设计更好的引物和探针。

4、模板中存在抑制物,或模板浓度过高。

四、负对照有信号、溶解曲线不止一个主峰

1、引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现。

2、引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比。

3、镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix 试剂盒。

4、模板有基因组的污染:rna提取过程中避免基因组dna 的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。

五、扩增效率低

1、反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解。

2、反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法。

3、反应体系中有pcr反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。

7楼:寵愛認

常见分析角度:

1.无ct值出现

(1)检测荧光信号的步骤有误:一般sg法采用72℃延伸时采集,taqman法则一般在退火结束时或延伸结束采集信号;

(2)引物或探针降解:可通过page电泳检测其完整性;

(3)模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起;

(4)模板降解:避免样品制备中杂质的引入及反复冻融的情况。

2.ct 值出现过晚(ct>38)

(1)扩增效率低:反应条件不够优化,设计更好的引物或探针、改用三步法 进行反应、适当降低退火温度、增加镁离子浓度等;

(2)pcr各种反应成分的降解或加样量不足,

(3)pcr产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。

3.标准曲线线性关系不佳

(1)加样存在误差:使得标准品不呈梯度;

(2)标准品出现降解:应避免标准品反复冻融,或重新制备并稀释标准品;

(3)引物或探针不佳:重新设计更好的引物和探针;

(4)模板中存在抑制物,或模板浓度过高。

4.负对照有信号、溶解曲线不止一个主峰

(1)引物设计不够优化:应避免引物二聚体和发夹结构的出现;

(2)引物浓度不佳:适当降低引物的浓度,并注意上下游引物的浓度配比;

(3)镁离子浓度过高:适当降低镁离子浓度,或选择更合适的mix 试剂盒;

(4)模板有基因组的污染:rna提取过程中避免基因组dna 的引入,或通过引物设计避免非特异扩增。

5.扩增效率低

(1)反应试剂中部分成分特别是荧光染料降解;

(2)反应条件不够优化:可适当降低退火温度或改为三步扩增法;

(3)反应体系中有pcr反应抑制物:一般是加入模板时所引入,应先把模板适度稀释,再加入反应体系中,减少抑制物的影响。

8楼:匿名用户

bioghsc super probe kit在20ul的反应体系里,只要有几个拷贝的dna分子就能被检测出来,具有非常强的抗干扰能力,能够对土壤、粪便、肿瘤和血液**的复杂样本中的靶基因进行检测分析,适合探针法定量pcr检测,试剂以预混液的形式包装,使用极其方便。

实时荧光定量pcr的结果该怎样分析?

9楼:群英斗将

1、如果有标准曲线,按照标准曲线计算;

2、一般都是相对量,则用delta delta ct方法来计算;

3、引物或探针降解:可通过page电泳检测其完整性;

4、模板量不足:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起;

5、看ct值是分析荧光定量pcr最直观的一个数据,ct值一般在35左右就失去参考价值了,平时我们实验室用biodai-pcr荧光定量法测得的扩增曲线的起跳值基本在30左右。

扩展资料:

pvr的循环参数:

1、预变性;

模板dna完全变性与pcr酶的完全激活对pcr能否成功至关重要,加热时间参考试剂说明书。

2、变性步骤;

循环中一般95℃,30秒足以使各种靶dna序列完全变性,可能的情况下可缩短该步骤时间。变性时间过长损害酶活性,过短靶序列变性不彻底,易造成扩增失败。

3、引物退火;

退火温度需要从多方面去决定,一般根据引物的tm值为参考,根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对pcr的特异性有较大影响。

4、引物延伸;

引物延伸一般在72℃进行(taq酶最适温度)。但在扩增长度较短且退火温度较高时,本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定,一般推荐在1000bp以上,含pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。

5、循环数;

大多数pcr含25-35循环,过多易产生非特异扩增。

6、最后延伸;

在最后一个循环后,反应在72℃维持10-30分钟.使引物延伸完全,并使单链产物退火成双链。