目前使用的下一代测序技术有几种?其应用领域有哪些

2020-11-22 09:07:39 字数 5075 阅读 3449

1楼:匿名用户

http://wenku.baidu.***/view/56322d4769eae009581bec3a.html

希望对你有帮助

目前使用的下一代测序技术有几种?其应用领域有哪些

2楼:朝夕_小姿

现阶段的下一代测试(ngs)已经是illumina和thermo天下了,基本没有第三个品牌了。这两个比起来,illumina又要比thermo的市场占有率大。至于应用领域,你能想到的都可以用ngs来检测

下一代测序技术有几种

3楼:匿名用户

按原理分三种:roche 454 焦磷酸测序,iiiumina 是边合成边测序,abi solid是 连接测序

什么是下一代测序

4楼:匿名用户

佳学基因为你解答,根据发展历史、影响力、测序原理和技术不同等,主要有以下几种:大规模平行签名测序(massively parallel signature sequencing, mpss)、聚合酶克隆(polony sequencing)、454焦磷酸测序(454 pyrosequencing)、illumina (solexa) sequencing、abi solid sequencing、离子半导体测序(ion semiconductor sequencing)、dna 纳米球测序 (dna nanoball sequencing)等。

高通量测序技术是对传统测序一次革命性的改变,一次对几十万到几百万条dna分子进行序列测定,因此在有些文献中称其为下一代测序技术(next generation sequencing)足见其划时代的改变,同时高通量测序使得对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析成为可能,所以又被称为深度测序(deep sequencing)。

什么是solexa 测序技术

5楼:匿名用户

solexa 高通量测序法原理

solexa 方法是利用单分子阵列测试 genotyping ,此种测序法首先是将 dna 从细胞中提取,然后将其打断到约 100 - 200bp 大小,再将接头连接到片段上,经 pcr 扩增后制成 library 。随后在含有接头的芯片( flow cell )上将已加入接头的 dna 片段绑定在 flow cell 上,经反应,将不同片段扩增。在下一步反应中,四种荧光标记的染料应用边合成边测序( sequencing by synthesis )的原理,在每个循环过程里,荧光标记的核苷和聚合酶被加入到单分子阵列中。

互补的核苷和核苷酸片断的第一个碱基配对,通过酶加入到引物上。多余的核苷被移走。这样每个单链 dna 分子通过互补碱基的配对被延伸,利用生物发光蛋白,比如萤火虫的荧光素酶,可通过碱基加到引物后端时所释放出的焦磷酸盐来提供检测信号。

针对每种碱基的特定波长的激光激发结合上的核苷的标记,这个标记会释放出荧光。荧光信号被 ccd 采集,ccd 快速扫描整个阵列检测特定的结合到每个片断上的碱基。通过上述的结合,检测可以重复几十个循环,这样就有可能决定核苷酸片断中的几十个碱基。

solexa 的这种方法,可在一个反应中同时加入 4 种核苷的标签,采用边合成边测序( sbs - sequencing by synthesis ),可减少因二级结构造成的一段区域的缺失。并具有所需样品量少,高通量,高精确性,拥有简单易操作的自动化平台和功能强大等特点,此反应可以同时检测上亿个核苷酸片断 , 因此在同一个芯片或几个芯片上花费很少(只需常规方法的 1 %)的成本就可测试全基因组。

随着 dna 测序表达谱产品( dna sequencing ,expression profiling )以及 microrna 分析平台 -solexa genome analysis system. 相继问世,使得此种方法在更多的领域得到应用。

illumina公司的solexa测序技术为广大用户提供了强大的下一代测序方法,为目前遗传分析和功能基因组等热门研究领域的部分热门课题提出了全新的应用方案。

测序与重测序

无论您需要测定的是整个基因组的序列还是基因组上一个大片断候选区域的序列, illumina genome analyzer系统都是当今世界上最先进、最经济的平台。solexa测序技术和可逆中止化合物染料(reversible terminator chemistry)奠定了在下一代测序技术中高质量、高通量、低成本数据产出的基础。

表达谱分析

通过对样本中数以百万计的cdna标签同时进行序列测定,genome analyzer系统可以使您对整个转录组进行数字化的分析,而成本仅仅维持在与目前其他模拟化分析技术同样的水平。由于我们的技术无需利用任何转录子特异性杂交探针,您可以同时进行全基因组转录子的发掘与定量分析,而无需事先知道基因组的注释情况。

小rna鉴定与定量分析

solexa测序技术可以提供一套全新独特的,适用于各个物种的小rna深度鉴定与定量分析研究平台。通过大量的平行测序,研究人员可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小rna图谱。应用这种低成本快速测定数百万标签序列的新方法,illumina genome analyzer提供了解密小rna图谱独一无二的方法。

**来宝网,http://****labbase.***/default.aspx

6楼:不曾夨来过

在solexa测序中一段待测序列会接上2种接头,在flowcell中也有和2种接头互补的两种oligo序列,首先是你的单链序列会和其中一个oligo互补结合,然后合成第二条链,随后将你的第一条链剪掉,碱性溶剂洗去.第二条链就会和第二种接头互补结合,就会形成一种桥型.

成桥有什么优势?成桥后可以控制的去除其中的一条,这样测序就可以完成两头的测序.当然测序长度也就多了一倍.

454测序:dna文库制备→empcr→上机测序solexa测序:文库制备→cluster扩增→边合成边测序solid测序:

样品制备→emulsion pcr和底物准备→测序反应→图像收集→数据分析

下一代测序技术与微阵列技术:谁更适合生物医学研究?

7楼:百度用户

ngs系统和配套应用的不断成熟,诸如文库制备和数据分析工具,有助于推动基因组测序在科研圈内越来越流行。无论出于何种目的——更精确数据、更好分辨率、来自授予机构的压力或者是纯粹担心被前沿技术甩在后面,无容置疑的是对革新性测序技术(提供快速的、廉价的和精确的基因组信息)的需求从未有如此巨大。 ngs技术在经济和技术上已取得长足进步,并收获了自首次出现(约十年之前)以来不断增加的用户认可。

随着人类基因组测序**快速下降至1000多美元以及在市场中更便宜仪器受到热捧,ngs测序就连预算吃紧的项目都能承担得起。 引用ngs技术的大量期刊**向芯片用户传达一个明确信息:ngs技术不再是新鲜事物,曾经还是一项成本过高、难以操控的技术,如今却是许多实验室的主流选择,它让研究人员生成比微阵列技术更完整、更准确的数据。

下一代测序技术与微阵列技术在各领域的偏好性

微阵列技术业绩获得证实 ngs已取得巨大进步,人们为什么还使用微阵列技术?答案有很多原因。过去的近20年间,微阵列平台在实验室中有一个良好的记录。

随着这一操作不断走向完善,研究人员越来越热衷于采用该技术并分析结果。一般而言,微阵列技术比ngs更易操作,不需要复杂的、高强度劳动的样本准备以及海量的数据分析。此外,微阵列技术在数据分析中可供选择的工具很多,不过通过使用主要方法就会得到统一的结果。

与ngs测序成本相比,高通量的微阵列技术更经济划算,尤其当处理大规模样品时具有显著优势。 技术更替进程 由微芯片技术向ngs过渡的最佳时间是何时?在两种技术比较时应考虑哪些因素?

当研究人员面临选择而感到困惑时,应注重考虑哪几个关键领域,如应用性成熟、单个样本成本和期望的输出结果。下面分别列举了在基因组学主要应用中的关键方面,如染色质免疫沉淀(几乎完全过渡)和细胞遗传学(过渡才刚刚开始)。 染色质免疫沉淀芯片 染色质免疫沉淀(chip)是首个将微阵列(chip-chip)过渡到测序(chip-seq)的技术,这是因为新的ngs技术可提供更好的峰分辨率。

这项应用对测序平台的要求不高——仅需少量短读取片段,在ngs成本快速下降的推动下,技术过渡在短时期内完成。 基因表达 研究人员一直渴望在基因表达实验中利用ngs技术更详细地观察基因表达谱,因为出于“设计偏见”的微阵列仅能提供关于特定探针检测区域的结果,因此微阵列只不过是研究人员设计的数据库。相反,在没有先前知识约束下,各种rna测序方法可覆盖转录谱的所有方面,以分析诸如新型转录、剪接体和非编码rna等事项。

尽管rna测序具有技术优势,微阵列仍然流行的两个主要原因是:一,其作为基因组学工具长期以来被研究人员熟练使用,并在反复实验中验证了真实性;二,尽管ngs**大幅下降,但是表达谱分析的阵列技术仍然较便宜并更容易处理大量样品,如成百上千个样品。 基因分型 在基因分型研究中,微阵列技术仍然被广泛采用,这是因为它们相比于ngs在成本上更为便宜,以及更有利于处理全基因组关联研究(gwas)所需的上千份样品。

不像基因表达那样,基于单核苷酸多态性的微阵列技术容易忽略掉设计偏差,不过,微阵列技术在snp位点的检测数量上具有局限,这往往促使其更专注于比较常见的变异位点,而一些研究人员认为较低的次要等位基因频率(maf)更应该值得关注。另一方面,全基因组测序(wgs)的成本是主要的绊脚石。为了降低测序成本和进行高通量测序,许多研究人员专注于外显子测序,这一策略将研究重点放在仅占全基因组序列(在人类和其他哺乳动物中)2%的编码序列上,而忽略其它非编码序列。

dna甲基化 在甲基化研究中会出现更复杂的选择。无容置疑的是,ngs技术可提供一张更完整的遗传图谱,不过考虑到全基因组测序仍然很昂贵,为了降低成本和进行高通量研究,一些研究人员正利用针对性方法仅观察片段甲基化,这正是微阵列技术仍然受欢迎的原因。不过,由于甲基化如何精确地作用基因组和转录组仍在研究之中,许多研究者发现这两种技术组合后更适合他们的需求——ngs技术用于查找而微阵列技术用于快速建库。

医学诊断 在诊断领域,从芯片到测序的过渡一直很慢。属于保守派的临床医生并不那么关注技术进步,令他们更感兴趣的是操作简单、结果一致以及监管部门批准,微阵列技术正好适应这几点,并能提供一个稳定的、可靠的平台。不过,微阵列技术仅能提供简单的数据分析,如果想揭示新的、未知的信息就需要借助ngs技术,因此,基于ngs的、节约成本的诊断具有**力,如非侵入性的产前测试。

下一代测序技术与芯片技术结合结论 虽然**下降和技术成熟这两大要素让ngs在许多方面成为首选技术,但是从微阵列技术到ngs技术的过渡是一个漫长而反复的过程。不同的应用需要不同的要求,当选择新技术或新平台时,研究人员在选择时要仔细权衡。