1楼：匿名用户
1.蛋白质鉴定：可以利用一维电泳和二维电泳并结合western等技术，利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。
2.翻译后修饰：很多mrna表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化，糖基化，酶原激活等。
翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式，因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。
3.蛋白质功能确定：如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析。
可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。
4.对人类而言，蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康，主要指促进分子医学的发展。如寻找药物的靶分子。
很多药物本身就是蛋白质，而很多药物的靶分子也是蛋白质。药物也可以干预蛋白质-蛋白质相互作用。
在基础医学和疾病机理研究中，了解人不同发育、生长期和不同生理、病理条件下及不同细胞类型的基因表达的特点具有特别重要的意义。这些研究可能找到直接与特定生理或病理状态相关的分子，进一步为设计作用于特定靶分子的药物奠定基础。 不同发育、生长期和不同生理、病理条件下不同的细胞类型的基因表达是不一致的，因此对蛋白质表达的研究应该精确到细胞甚至亚细胞水平。
可以利用免疫组织化学技术达到这个目的，但该技术的致命缺点是通量低。激光捕获显微切割lcm(laser capture microdissection)技术可以精确地从组织切片中取出研究者感兴趣的细胞类型，因此lcm技术实际上是一种原位技术。取出的细胞用于蛋白质样品的制备，结合抗体芯片或二维电泳-质谱的技术路线，可以对蛋白质的表达进行原位的高通量的研究。
很多研究采用匀浆组织制备蛋白质样品的技术路线，其研究结论值得怀疑，因为组织匀浆后不同细胞类型的蛋白质混杂在一起，最后得到的研究数据根本无法解释蛋白质在每类细胞中的表达情况。虽然培养细胞可以得到单一类型细胞，但体外培养的细胞很难模拟体内细胞的环境，因此这样研究得出的结论也很难用于解释在体实际情况。因此在研究中首先应该将不同细胞类型分离，分离出来的不同类型细胞可以用于基因表达研究，包括mrna和蛋白质的表达。
lcm技术获得的细胞可以用于蛋白质样品的制备。可以根据需要制备总蛋白，或膜蛋白，或核蛋白等，也可以富集糖蛋白，或通过去除白蛋白来减少蛋白质类型的复杂程度。相关试剂盒均有厂商提供。
蛋白质样品中的不同类型的蛋白质可以通过二维电泳进行分离。二维电泳可以将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率的分离。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离。
电泳后对胶进行高灵敏度的染色如银染和荧光染色。如果是比较两种样品之间蛋白质表达的异同，可以在同样条件下分别制备二者的蛋白质样品，然后在同样条件下进行二维电泳，染色后比较两块胶。也可以将二者的蛋白质样品分别用不同的荧光染料标记，然后两种蛋白质样品在一块胶上进行二维电泳的分离，最后通过荧光扫描技术分析结果。
胶染色后可以利用凝胶图像分析系统成像，然后通过分析软件对蛋白质点进行定量分析，并且对感兴趣的蛋白质点进行定位。通过专门的蛋白质点切割系统，可以将蛋白质点所在的胶区域进行精确切割。接着对胶中蛋白质进行酶切消化，酶切后的消化物经脱盐/浓缩处理后就可以通过点样系统将蛋白质点样到特定的材料的表面（maldi-tof）。
最后这些蛋白质就可以在质谱系统中进行分析，从而得到蛋白质的定性数据;这些数据可以用于构建数据库或和已有的数据库进行比较分析。
lcm-二维电泳-质谱的技术路线是典型的一条蛋白质组学研究的技术路线，除此以外，lcm-抗体芯片也是一条重要的蛋白质组学研究的技术路线。即通过lcm技术获得感兴趣的细胞类型，制备细胞蛋白质样品，蛋白质经荧光染料标记后和抗体芯片杂交，从而可以比较两种样品蛋白质表达的异同。clontech最近开发了一张抗体芯片，可以对378种膜蛋白和胞浆蛋白进行分析。
该芯片同时配合了抗体芯片的全部操作过程的重要试剂，包括蛋白质制备试剂，蛋白质的荧光染料标记试剂，标记体系的纯化试剂，杂交试剂等。
对于蛋白质相互作用的研究，酵母双杂交和噬菌体展示技术无疑是很好的研究方法。clontech开发的酵母双杂交系统和neb公司开发的噬菌体展示技术可供研究者选用。
关于蛋白质组的研究，也可以将蛋白质组的部分或全部种类的蛋白质制作成蛋白质芯片，这样的蛋白质芯片可以用于蛋白质相互作用研究，蛋白表达研究和小分子蛋白结合研究。 science，vol. 293，issue 5537，2101-2105，september 14，2001发表了一篇关于酵母蛋白质组芯片的**。
该文主要研究内容为：将酵母的5800个orf表达成蛋白质并进行纯化点样制作芯片，然后用该芯片筛选钙调素和磷脂分子的相互作用分子。
最后有必要指出的是，传统的蛋白质研究注重研究单一蛋白质，而蛋白质组学注重研究参与特定生理或病理状态的所有的蛋白质种类及其与周围环境(分子)的关系。因此蛋白质组学的研究通常是高通量的。适应这个要求，蛋白质组学相关研究工具通常都是高度自动化的系统，通量高而速度快，配合相应分析软件和数据库，研究者可以在最短的时间内处理最多的数据
蛋白质组学结果怎样进行生物信息学分析
2楼：潇晓愉
有些常规的**如panther，string，david可进行相应分析
最近有个omicsbeans可完成一站式分析
蛋白质组学蛋白信号通路分析怎么做
3楼：匿名用户
不过信号通路最好还是从蛋白层面进行，分析可能的4条信号通路，做相关蛋白的western blot，检测下游蛋白常见的如磷酸化修饰silicare(站内联系ta)信号通路太复杂了，还是copy文献吧，当然是copy diea了livee(站内联系ta):tiger07:zhixuec(站内联系ta)多看些英文文献吧，很多有关报道的
看多了你就有思路了
所以还是勤奋点儿吧tongyanna(站内联系ta)我还真不明白啊xp198766(站内联系ta)帮lz顶，最近我想也知道类似问题的答案，不知道有没有高手会kegg的，能不能写一点总结出来啊……期待啊……lwiaanngg(站内联系ta)如果你知道大概的途径，可以用上面说的rt-pcr等手段
如果你不知道，你可以使用蛋白microarray/dna microarray来测定相对变换量sqhnsd(站内联系ta)先做相关的表型观察，看看表型符合那个通路相关的现象，然后做wb、蛋白质相互作用等试验进一步去检测具体的机制如何。但是如何去做，还必须通过看文献才能帮助你解决问题。charlie9(站内联系ta)信号通路的变化，一般与mrna的变化关系不大。
它一般通过关键蛋白分子的修饰有关，因此rt-pcr一般不能说明问题。western-blots检测被修饰的蛋白分子为好。
蛋白质组学主要包括哪些分析技术及各自特点
4楼：匿名用户
为**生物进程的分子机制，需要确定介导这个过程的蛋白质-蛋白质
间的相互作用。研究蛋白质间相互作用的主要技术总结如下：
一、酵母双杂交系统
酵母双杂交系统是当前广泛用于蛋白质相互作用组学研究的一种重要方法。其原理是当靶蛋白和诱饵蛋白特异结合后，诱饵蛋白结合于报道基因的启动子，启动报道 基因在酵母细胞内的表达，如果检测到报道基因的表达产物，则说明两者之间有相互作用，反之则两者之间没有相互作用。将这种技术微量化、阵列化后则可用于大 规模蛋白质之间相互作用的研究。
在实际工作中，人们根据需要发展了单杂交系统、三杂交系统和反向杂交系统等。angermayr等设计了一个sos蛋白介 导的双杂交系统。可以研究膜蛋白的功能，丰富了酵母双杂交系统的功能。
此外，酵母双杂交系统的作用也已扩展至对蛋白质的鉴定。
二、噬茵体展示技术
在编码噬菌体外壳蛋白基因上连接一单克隆抗体的dna序列，当噬菌体生长时，表面就表达出相应的单抗，再将噬菌体过柱，柱上若含目的蛋白，就会与相应抗体 特异性结合，这被称为噬菌体展示技术。此技术也主要用于研究蛋白质之间的相互作用，不仅有高通量及简便的特点，还具有直接得到基因、高选择性的筛选复杂混 合物、在筛选过程中通过适当改变条件可以直接评价相互结合的特异性等优点。目前，用优化的噬菌体展示技术，已经展示了人和鼠的两种特殊细胞系的cdna文 库，并分离出了人上皮生长因子信号传导途径中的信号分子。
三、等离子共振技术
表 面等离子共振技术(su***ce pla**on resonance，spr)已成为蛋白质相互作用研究中的新手段。它的原理是利用一种纳米级的薄膜吸附上“诱饵蛋白”，当待测蛋白与诱饵蛋白结合后，薄 膜的共振性质会发生改变，通过检测便可知这两种蛋白的结合情况。spr技术的优点是不需标记物或染料，反应过程可实时监控。
测定快速且安全，还可用于检测 蛋白一核酸及其它生物大分子之间的相互作用。
四、荧光能量转移技术
荧 光共振能量转移（fret ）广泛用于研究分子间的距离及其相互作用; 与荧光显微镜结合，可定量获取有关生物活体内蛋白质、脂类、dna 和rna 的时空信息。随着绿色荧光蛋白（gfp）的发展，fret 荧光显微镜有可能实时测量活体细胞内分子的动态性质。提出了一种定量测量fret效率以及供体与受体间距离的简单方法，仅需使用一组滤光片和测量一个比 值，利用供体和受体的发射谱消除光谱间的串扰。
该方法简单快速，可实时定量测量fret 的效率和供体与受体间的距离，尤其适用于基于gfp 的供体受体对。
五、抗体与蛋白质阵列技术
蛋 白芯片技术的出现给蛋白质组学研究带来新的思路。蛋白质组学研究中一个主要的内容就是研究在不同生理状态下蛋白水平的量变，微型化，集成化，高通量化的抗 体芯片就是一个非常好的研究工具，他也是芯片中发展最快的芯片，而且在技术上已经日益成熟。这些抗体芯片有的已经在向临床应用上发展，比如肿瘤标志物抗体 芯片等，还有很多已经应用再眼就的各个领域里。
六、免疫共沉淀技术 免 疫共沉淀主要是用来研究蛋白质与蛋白质相互作用的一种技术，其基本原理是，在细胞裂解液中加入抗兴趣蛋白的抗体，孵育后再加入与抗体特异结合的结合于 pansobin珠上的金黄色葡萄球菌蛋白a(spa)，若细胞中有正与兴趣蛋白结合的目的蛋白，就可以形成这样一种复合物：“目的蛋白—兴趣蛋白—抗兴 趣蛋白抗体—spa\|pansobin”，因为spa\|pansobin比较大，这样复合物在离心时就被分离出来。经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，复合物 四组分又被分开。
然后经western blotting法，用抗体检测目的蛋白是什么，是否为**蛋白。这种方法得到的目的蛋白是在细胞内天然与兴趣蛋白结合的，符合体内实际情况，得到的蛋白 可信度高。但这种方法有两个缺陷：
一是两种蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；二是必须在实验前**目的蛋白是什么，以选择 最后检测的抗体，所以，若**不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。
七、pull-down技术
蛋 白质相互作用的类型有牢固型相互作用和暂时型相互作用两种。牢固型相互作用以多亚基蛋白复合体常见，最好通过免疫共沉淀（co-ip） 、pull-down技术或far-western法研究。pull-down技术用固相化的、已标记的饵蛋白或标签蛋白（生物素-、polyhis-或 gst-），从细胞裂解液中钓出与之相互作用的蛋白。
通过pull-down技术可以确定已知的蛋白与钓出蛋白或已纯化的相关蛋白间的相互作用关系，从体 外传路或翻译体系中检测出蛋白相互作用关系。