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嘉靖皇帝的继位带来了明朝赫赫有名的“大议礼之争”，这是明朝最著名的政治事件。嘉靖在做皇帝前，一直居住在湖北，因为这里是兴献王的封地。当朝廷决定让他做皇帝后，就派大臣去迎接他。
在嘉靖从湖北进北京时，就与朝臣们就欢迎仪式的规格发生了争执。在封建社会，皇帝家族的传承脉络必须特别清晰，嘉靖皇帝既然做了皇帝，就得要求他和前面的皇帝具有直系亲人关系，于是以首辅杨廷和、礼部尚书毛澄为首的群臣认为朱厚熜应该首先过继给已故的明孝宗做儿子，然后再继承皇位。因此他们便要在北京城外搞一个“皇子过继和太子受封”的仪式，然后让朱厚熜以太子身份走东安门入宫。
但朱厚熜认为诏书上写的是让自己来当皇帝，不是来当太子的，而且朱厚璁为人特别孝顺且认死理，本来他亲生老爹已经死了，自己过继给叔叔也没啥，不过他认为自己就是兴献王的儿子，不是弘治皇帝的儿子，怎么也不肯变通。在朱厚熜的坚决反对下，张太后和大臣们让步了：先继位再说。
于是，朱厚熜从大明门入宫，随即登基做了皇帝。三天后，嘉靖皇帝接自己的亲生母亲入京，又发生了类似的事情，朝臣再次让步。 事情还没有结束。
又过了两天，嘉靖皇帝让大臣们讨论给自己的亲生父亲兴献王加尊号，要追封其为皇帝。杨廷和等认为，嘉靖既已过继给弘治，就该称弘治为“皇考”，兴献王只能称为“皇叔父”，不可加尊号。在祭告生父时，还要署名称“侄”。
在封建礼法问题上，众大臣表现的空前团结，反对的奏章压的嘉靖喘不过气来 。就在嘉靖快要让步的时候，进士张璁上了一个奏折，为嘉靖皇帝追封自己的父母找了许多理论依据，而且引经据典的批驳了群臣的观点。这一下皇帝可高兴了，给这位进士加官进爵。
随后，朝臣们就分为两派：一派支持加尊号，叫议礼派；另一派反对，叫护礼派。嘉靖皇帝支持前者，使得议礼派队伍不断扩大。
两派之间的争斗也越来越激烈，终于爆发了“血溅左顺门”事件。 嘉靖三年，1524年，护礼派二百多人集体跪在左顺门外，大哭大闹。嘉靖大怒，派人逮捕了几个领头的，没想到这下让群臣情绪更加激愤，左顺门前出现骚动。
嘉靖顿时起了杀心，他派出锦衣卫，逮捕一百多人，八十多人录名待罪。官阶小点的遭到了廷杖，十多人***，还有几个被充军，左顺门前血迹斑斑。到此，护礼派彻底失败。
1528年，嘉靖终于如愿以偿的追封自己的生父为明睿宗，其牌位入主太庙，放在了明武宗之上，自己的生母也被封为皇太后。嘉靖刚继位时，诛杀佞臣江彬等，并对前朝的弊政进行改革，本来不错，但大议礼之争致使许多正直的大臣或死或引退，佞臣却乘机窃取了朝政大权，使弊政重兴。嘉靖皇帝也树立了威信。
这里顺便说一下。在清朝，同治皇帝死后，同样也遇到了“没有儿子继位”的问题。当时掌权的慈禧太后就把同治皇帝的堂弟、醇亲王奕譞的儿子载湉立为新君，也就是光绪皇帝。
光绪生父醇亲王奕譞是慈禧的小叔子，光绪的生母则是慈禧的亲妹妹。所以，光绪既是慈禧的侄子，又是慈禧的外甥，无论从哪边论都是至亲。奕譞知道明朝大议礼之争的事情，所以，自己的儿子继位之初，他就给慈禧上了个奏章，把事情说清楚了，表明自己不需什么封号。
后来果然有大臣提出了这个问题，慈禧把奕譞的奏章拿出来给这个大臣看，事情就解决了。 为求长生不老，嘉靖十分崇信道教，到处搜罗方士和秘方，甚至在选拔人才时也要看谁的青词（道教仪式中向上天祷告的词文）写的好来决定，有人就因此做了内阁大臣，所以民间就有“青词宰相”的说法，嘉靖朝著名的奸臣严嵩就是其中之一。严嵩在《明史·奸臣传》中被认为是明朝第一大奸臣，他和他的儿子严世蕃把持内阁将近20年，党羽遍及天下，国库亏空。
由于嘉靖皇帝专心于修道成仙，所以朝政大多由严嵩和司礼监控制。其实，嘉靖皇帝还是很懂得驭人之术的，他利用一派势力制衡另一派——打击嚣张的，扶助弱势的。这样虽然很好的确保了皇帝的权威，但却弄的明朝上下腐败，国势日衰。
严嵩也了不得，他做事谨慎，而且深得皇帝信任，以至于嘉靖末年，当严党倒台时，所有严党主要成员都受到株连，严世蕃都被处死，但严嵩自己却没事，只是罢官而已。