1楼：匿名用户
t检验会出现比较对的假阳性，可以用fdr校正一下。如果没有生物学重复的话，建议用degseq。
也可以用edger包。read counts 需要联系给你做测序的公司，让他们提供一下。如果有服务器的话，亦可以自己跑一遍，不过比较费时间。
如何根据rpkm值求差异表达基因
2楼：匿名用户
差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。r分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的bioconductor包是limma。
鉴定差异表达基因是表达谱芯片分析pipeline中必须的分析步骤。差异表达基因分析是根据表型协变量（分类变量）鉴定组间差异表达，它属于监督性分类的一种。在鉴定差异表达基因以前，一般需要对表达值实施非特异性过滤（在机器学习框架下属于非监督性分类），因为适当的非特异性过滤可以提高差异表达基因的检出率、甚至是功效。
r分析差异表达基因的library有很多，但目前运用最广泛的bioconductor包是limma。
怎么用genespring筛选差异表达基因
3楼：匿名用户
断差异表达的基因，从而表达出了差异： 不同基因控制合成的蛋白质不同,蛋白质不同表现的生物性状就不同
差异基因分析pvalue，fdr是怎么计算的
4楼：迷途崽崽
在利用rna-seq数据比较分析两个样品中同一个基因是否存在差异表达的时候，一般选取两个标准：
i）foldchange
foldchange，很容易理解了。就是两样品中同一个基因表达水平的变化倍数。可以用rpkm值来计算，关于rpkm的计算方法，请参考 ii）fdr校正后的p-value，即q-valuefdr值的计算方法如下： 1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因a对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为n1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为n2，样本一中唯一比对到基因a的总reads数为x，样本二中唯一比对到基因a的总reads数为y，则基因a在两样本中表达量相等的概率可由以下公式计算： perl中怎么做基因的差异表达 5楼：匿名用户 主要通过合成蛋白质表达，不同基因控制合成的蛋白质不同，蛋白质不同表现的生物性状就不同从而表达出了差异。 转录组数据中rpkm代表什么 6楼：匿名用户 在衡量基因表达量时，若是单纯以map到的read数来计算基因的表达量，在统计上是不合理的。因为在随机抽样的情况下，序列较长的基因被抽到的机率本来就会比序列短的基因较高，如此一来，序列长的基因永远会被认为表达量较高，而错估基因真正的表现量，所以ali mortazavi等人在2008年提出以rpkm在估计基因的表现量。 扩展资料： 假设一基因体只有两个基因，一个9 kb，一个1 kb，如今有一sample，其map 到9 kb 的read 有18 million 个，map 到1 kb 的有2 million 个， 对于9 kb 的基因而言， total exon reads=18 million exon length=9 kb rpkm =18million/(20*9)=0.1*10^6=10^5 对于1 kb 的基因而言， total exon reads=2 million exon length=1 kb rpkm =2million/(20*1)=0.1*10^6=10^5 由此我们可以知道这两个基因表现量没有差别。 7楼：匿名用户 转录组数据中，rpkm是reads per kilo bases per million reads的缩写，代表每百万reads中来自于某基因每千碱基长度的reads数。 转录是遗传信息由dna转换到rna的过程。作为蛋白质生物合成的第一步，转录是mrna以及非编码rna（trna、rrna等）的合成步骤。是遗传信息从dna流向rna的过程。 即以双链dna中的确定的一条链（模板链用于转录，编码链不用于转录）为模板，以atp、ctp、gtp、utp四种核苷三磷酸为原料，在rna聚合酶催化下合成rna的过程。 实验组和对照组中rpkm数值或者比值多少，才有意义 8楼：匿名用户 实验组和对照组中rpkm数值或者比值多少，才有意义指虽给对象施以某种实验处理，但这种处理是作为对照意义的，或者说这种处理不是实验假设所给定的实验变量意义的。例如，“动物激素饲喂小动物”实验，采用等组实验法，其实验设计方案是： 甲组：饲喂甲状腺激素（实验组）； 乙组：饲喂甲状腺抑制剂（甲硫咪唑）（条件对照组）； 丙组：不饲喂药剂（空白对照组）。 显然，乙组为条件对照，该实验既设置了条件对照，又设置了空白对照，通过比较、对照，更能充分说明实验变量——甲状腺激素能促进蚯蚓的生长发育。 生物生理、生化的某些项目也都有相应的标准，将观察测定的实验数值与规定的标准值相比较，以确定其正常与否的对照方法。